Vetřelci pokračují tam, kde první díl skončil. Ripley je nalezena v záchranném modulu 57 let poté, co opustila Nostromo. Částečně proti své vůli se vydává zpět na planetu, kde byl nalezen první vetřelec, spolu s po zuby ozbrojenou jednotkou.
Od doby, kdy Ripley se jako jediná zachránila po řádění vetřelce na palubě Nostromo, uplynulo 57 let. Záchranný modul je náhodně objeven hlídkou, zpočátku se však zdá, že noční můra pokračuje. Komise společnosti obviní Ripley z bezdůvodného ničení lodi a degraduje jí na mechanika, navíc ji stále pronásledují hrozivé sny, jak se z její hrudi klube zárodek vetřelce.
Její verzi o zničení nevěří komise hlavně proto, že na planetě kde původní posádka Nostroma objevila vrak mimozemské lodi, už žijí několik let pozemšťané a zatím nic neobjevili. Když se však po čase základna odmlčí, zástupce společnosti, Burke, prosí Ripley, aby se spolu s vojenskou posádkou vydala na průzkum LV-426 pro případ, že by se nejednalo jen o domnělý „porouchaný“ vysílač. Ripley zpočátku váhá, ale po příslibu Burkeho, že tam jedou vetřelce zničit, souhlasí. Elitní výsadkové komando na palubě lodi Sulaco vyráží směrem ke kolonii. Posádku tvoří:
Gorman
poručík velitel mise |
Apone seržant velitel čety |
Hicks
desátník 3.ve velení |
Dietrich
desátník 4.ve velení |
|||
Ferro
desátník pilot |
Crowevojín |
Drake
vojín smart gunner |
Frost
vojín munice |
|||
Hudson
vojín radista |
Spunkmayer vojín 2.pilot |
Vasquez vojín smart gunner |
Wierzbowskivojín | |||
Bishop
android vědec |
Burke
zástupce společnosti |
Ripleykonzultant |
Mezi posádkou panuje dobrá nálada, všichni považují nasazení za příjemný výlet. Výsadek probíhá bez problémů, úspěšně se podaří přistát u kolonie. Ale první průzkum naznačuje, že něco není v pořádku – kolonie je zcela opuštěná a prázdné poškozené chodby vykazují známky boje. Obavy Ripley se potvrdí v okamžiku, kdy jsou nalezeny povědomé díry od kyseliny a v laboratoři také vzorky vetřelcích zárodků. Ve ventilacích se ukrývá také jediná přeživší z celé velké kolonie – malá holčička Newt. Vojáci pomocí lokátorů objevují v podzemí signály zbylých kolonistů – ale jak se ukáže, všichni byli zavlečeni do podzemí jen kvůli tomu, aby se stali líhněmi pro vylíhnuté vetřelce. V podzemí se spustí první velká bitva, kde zahyne téměř polovina komanda. Jen díky rychlému zákroku Ripley se podaří zachránit druhou polovinu a odjet s transportérem do bezpečí.
Je rozhodnuto odletět z výsadkovým modulem zpět na orbit a odpálit atomovku na základnu, proti tomu ovšem protestuje Burke. Plány naruší havárie modulu, ve které mají opět prsty vetřelci. Zbytek posádky se opevní v laboratoři, na svojí ochranu postaví na chodbách automatické zbraně a přemýšlí o plánu úniku. Je rozhodnuto, aby se pomocí vysílačky v komplexu zavolal druhý modul přímo ze Sulaca, čímž je pověřen Bishop. Na přeživší tlačí čas, narušený termální okruh hrozí výbuchem komplexu do několika hodin, navíc vetřelci nacházejí skuliny v ochranném systému.
Zatímco Bishop přivolává radiem druhý modul, Ripley a Newt jsou vystaveni úmyslnému útoku vetřelcích zárodku, které na ně poštval Burke. Ukáže se, že měl zájem propašovat vetřelce skrz karanténu – takový byl opět záměr společnosti. K lynčování Burkeho nedojde, laboratoř je napadena vetřelci a útok přežijí jen Ripley, Hicks a Newt. Prchají ventilací k místu, kde má přistat přivolaný modul, ale Newt propadne do kanalizace a je odvlečena vetřelci. Ripley a Hicks se dostanou v bezpečí do modulu, ale Ripley nařídí Bishopovi, aby ještě neodlétal a vydává se do sídla vetřelců nalézt Newt. Nachází jí, ale vzápětí se obě dostávají přímo do samotného jádra sídla – ke královně. Ripley zničí několik nakladených vajec a obě prchají k modulu, na poslední chvíli se jim podaří nasednout a královně uniknout. Celý komplex vzápětí exploduje.
Newt, Ripley, Hicks a Bishop přistávají na Sulcu. Vše vypadá v pořádku, najednou však zaútočí královna, které se podařilo též dostat do modulu. Bishop je rozdrcen, Hicks díky zranění mimo hru, závěrečný souboj s královnou proto musí svést Ripley. Pomocí nakladače dostane královnu až nad vzduchovou komoru a po boji se jí podaří vypustit ven. Společně všichni se ukládají do hyperspánku a míří zpět na Zemi.
Vývoj scénáře
21.září 1983 – První scénář z pera Jamese Camerona, ještě pod názvem Vetřelec II. V příběhu ještě neexistuje postava jménem Carter Burke, místo něho je zde pouze Dr.Neil, který ovšem s Ripley a mariňáky necestuje do kolonie. Planeta se nejmenuje LV-426, ale Acheron (podle původní verze scénáře z prvního dílu). Dcera Ripley je naživu a ona s ní vede během letu několik konverzací – včetně dialogu, kdy jí dcera obviní, že odletěla zpět do vesmíru. Zápletka s Newt ale už existuje. Také je zde scéna popisující podrobně napadení otce Newt v mimozemském vraku včetně zhruba desetičlenné záchranné výpravy, která je také napadena. Dále v této verzi scénáře přežije seržant Apone první útok, Ripley, Newt a Hicks jsou v jedné chvíli chyceni všichni do zámotku a to druhem vetřelce, který nezabíjí lidi, pouze je paralyzuje. Poslední změnou je že Bishop zůstane během výsadku na Sulacu, ale odmítá pro přeživší přijet kvůli možné kontaminaci.28(30).5.1985 – James Cameron odevzdává finální scénář. Je už velmi blízko konečné verzi filmu, pouze s nepatrným rozdílem několika dialogů a scén. Scénář obsahuje i scény, které se nevešly do kinoverze, ale Cameron je vrátil do filmu díky speciální edici z roku 1987.