Assassin's Creed je 16-stránkový komiks, který byl dostupný s limitovanou edicí Assassin's Creed, a rozvádí vedlejší příběh Altaïra Ibn-La'Ahada a Desmonda Milese. Komiks byl také distribuován obchodními manažery od EB Games k propagaci samotné hry.
Příběh začíná v roce 2012 útěkem Desmonda Milese z komplexu Absterga Indistries, ovšem rozhoduje se zůstat poté, co si zkusil Animus a prožil vzpomínky Altaïra v roce 1191, který byl pověřen vraždou několika templářských rytířů sídlících ve městě Acre.
Vypravovaný příběh má dvě dění v jednu chvíli v jiných časových kontextech. Desmond se nejdříve představí na začátku komiksu kým byl a co se mu stalo. Popíše sám sebe jako vězně a neví, co po něm ti lidé chtějí nebo žádají.
Později, když se Desmond synchronizuje se vzpomínkami Altaïra, popisuje zase sám sebe jako asasína, který jde po těch lidech, aby se dozvěděl, kdo je vede a co měli v plánu. Takto se utvořilo spojení mezi Desmondem a Altaïrem, kteří vysvětlují kým byli a co dokázali. Ke konci příběhu oba prohlásí, že jsou asasíni.
V úvodu s Desmondem šlo vidět, jak se pohybuje před komplexem a vyhýbá se ochrance Absterga, kteří ho po celém zařízení pronásledují. Vleze do ventilačních prostor a potichu se zde přemisťuje. Málem byl chycen jedním z mužů ochranky, který slyšel podivné zvuky z ventilace, když tam ale nakoukl, nic neviděl, a tak pokračoval dál v pochůzce po sektoru.
Desmond se poté krčí u otvoru ve ventilaci hned za strážným, který reaguje na záležitosti je kolegy o rozbité ventilaci. Desmond se proplíží za zády vedení do velké haly, ve které je Animus. Rukou se dotkne zařízení. Animus se silně rozzáří a Desmonda myšlenkové přenese do vzpomínek Altaïra.
Altaïr kráčí ulicemi Acru a vchází do úzké uličky, kde zavraždí templářského rytíře. Okamžitě vylézá po zdi, aby utekl z místa činu. V další scéně lze spatřit jen bloudící stráže po ulicích města, jak jim nevědomky Altaïr utíká pryč po střechách budov v pozadí.
Když lezl po straně budovy, byl spatřen lučištníkem. V moment, kdy na něj varovně zvolal, Altaïr jej zabodl a shodil z budovy. Jak tělo lučištníka dopadlo na zem, upozornilo několik strážných.
Altaïr nijak nezaváhal a skočil dolu rovnou na záda strážnému, kterému při dopadu roztříštil hlavu o zem. Prostředí se pak začne promítat s budoucností, kde pracovníci nalézají Desmonda, jak leží na Animu. Desmond okamžitě vyběhne a utíká před nimi.
Prostředí pak zase problikne do minulosti, kde Altaïr bojuje s templářskými strážemi. Poté se vzpomínky desynchronizují ve chvíli, když Altaïr zatáhne zpět svou skrytou čepel po zabití všech vojáků a když je Desmond obklíčen u rohu pracovníky. Uvědomuje si, že je připraven se s nimi utkat.
