Šest měsíců po událostech minulé sezóny Booth, Brennanová, dcera Christine a nové dítě zjevně žijí vysněný život, svět daleko od vražedného života, který zanechali. Případ s úzkými osobními vazbami na pár však nutí Brennanovou, aby se zapojila do forenzní analýzy pozůstatků, a Booth záhadně zmizí, což vedlo vyšetřování FBI k jeho pobytu pod vedením agenta Grace Millera (hostující hvězda Kim Raver), který pracuje úzce s agentem FBI Jamesem Aubreyem v případě. Napětí se však zvyšuje, když se Miller pokouší vyšetřit jednoho z týmu jako hlavního podezřelého. Případ také přivádí Brennanovou do kontaktu s členem Boothovy rodiny (hostující hvězda Dilshad Vadsaria) a „squintern“ Arastoo Vaziri (hostující hvězda Pej Vahdat), který během Brennanovy nepřítomnosti zastával funkci vedoucího forenzního antropologa, doufá v dočasné postavení stává se trvalým.