Leatherhead zamíří do New Yorku, aby se pomstil želvám Ninja Mutant. Místo toho narazí na krále krys, který ukradl náklad chemických látek a plánuje proměnit občany New Yorku v bezduché zombie, takže jeho přisluhovači krys mohou vládnout městu. Se dvěma ze svých nejzábavnějších nepřátel ve stejné kanalizaci musí Ninja Turles spolupracovat s dubnem O'Nealem, aby je oba zastavil.