Shredder používá stroj času na cestu zpět do starověkého Japonska v roce 1583. Plánuje porazit Hamata Koji, muže, který založil Foot Clan, a Splinterova velkého předka, protože pokud je Hamato Koji poražen, pak by Master Splinter nikdy nebyl narození a želvy navždy zůstanou obyčejnými želvami.