Hodnost: Major USAF >> Podplukovník USAF
Služba: Velitel vlajkového týmu programu SGA
Kvalifikace: Armádní pilot.
John Sheppard je armádní pilot, který umí létat skoro se vším. Díky jeho skvělému pilotování zachránil i generála O'Neilla, když na jejich vrtulník byla omylem vystřelena antická Střela. John má rád fotbal, sjezd a vše co je rychlejší než 200 km/h.
K programu Atlantis se dostal také díky tomu, že má neobyčejně silný antický gen ATA. Tím se tedy stal důležitým členem výpravy. Gen objevil náhodou, když si sedl na křeslo ovládající antickou základnu v Antarktidě. Díky jeho silnému antickému genu ovládá antickou technologii zcela přirozeně bez nutnosti soustředění.
Postupem času se z něj stal na Atlantisu hrdina, ale i několikrát málem o svůj život přišel. Byl například nakažen retrovirem, který měnil jeho DNA, ale nakonec byl zachráněn. Když nalezli antickou loď s názvem Aurora, dobrovolně se připojil do stáze, aby se pokusil najít informace o slabině Wraithů. John byl také 8 měsíců vězněn v antickém zařízení, kde plynul čas několikanásobně rychleji, tím získal velice důležité zkušenosti, hlavně co se týče Povznesení.
Podplukovník John Sheppard občas nedůvěřuje velení Dr. Weirové a jedná na vlastní pěst. Byl to také on, kdo přejmenoval antickou loď GateShip (McKayův nápad) na Puddle Jumper. Je to chytrý a statečný voják. Nikdy se nevzdává a nenechává svůj tým ve „štychu“.
Dobry velitel.