V jednu normální noc v New Yorku absolvují 4 plně vyspělé mutantské želvy večerní výcvik s Master Splinterem v jejich Sewer Den pod New York. Strávili 15 let se svými sensei, mistrem Splinterem a učením se umění Ninjitsu. Díky svému vzhledu se nikdy neodhalili vnějšímu světu. Jak by to vedlo k problémům. Když se ale všechno zdálo fér, do jejich doupat přišlo balení sutin, které jedly malé stroje, a začaly žvýkat místo. Tyto stroje bojovali jeden po druhém se svými dovednostmi Ninja. Bohužel se jejich doupata začala zhroutit a teď jsou odděleni od svého pána. Kontaktovali ho pomocí vlastních mobilních telefonů „Shell Cell“ a souhlasí, že se s ním setkají na druhé straně. Cesta na druhou stranu je však blokována. Takže se budou muset dostat na druhou stranu, aby se dostali na druhou stranu. A to povede k boji s jedním z nejtěžších newyorských gangů „Purpuroví draci“.