Želvy objevují zdroj robotů Mouser, které zničily jejich staré doupě: Dr. Baxter Stockman, známý technologický génius / vynálezce, který se pokouší předat Mousers jako prostředek k odstranění problému potkana ve městě. Donatello nechá jednoho ze zlomených Mouserů pracovat a želvy ho pronásledují kanalizací. Mezitím Stockmanův laboratorní asistent April O'Neil odhalil tajné podzemní zařízení, kde se vyrábějí a skladují stovky Mouserů – za jakým účelem?