Želvy a tříska pokračují v boji proti mrakodrapu Head Head, aby čelili skartovači. Nyní však musí čelit některým Shredder Clones, Foot Tech Ninja a mocným Foot Mystics! Jako by to nebylo dost špatné, Baxter Stockman se rozhodl, že je čas, aby udělal svůj krok …