V alternativní apokalyptické budoucnosti, která nastane o padesát let později, byli všichni lidé a většina populace mutantů vymazáni kvůli extrémně silné explozi mutantů, k níž záhadně došlo neznámými prostředky. Pouze zvětralý Rafael, který má většinu svých dětských vzpomínek ztracených na něj, a Donatello (jehož vědomí bylo přeneseno do Metalhead), cestují po nemožné pustině a snaží se zachránit naživu, zatímco jsou sledováni Verminátorem a jeho cyklisty. S úctou k ženskému bojovníkovi jménem Surikata jménem Mira, poslední ze svého kmene, který skrývá tajemství „ráje“ a že musí najít moudrou želvu zvanou „Svatá Chalupa“.