Raphael, stále uvězněný v „jámě“, dokáže porazit své dva protivníky a dav je vítán jako vůdce obou kmenů. S pomocí Mira, Mikey a Chompy prchají při hledání „Zeleného ráje“, ale nakonec se musí vypořádat s Leonardem, který nakonec nechal své tělo podstoupit druhou mutaci a jeho mysl byla zjizvena mutagenní bombou a je nyní zlý vůdce pustiny, Maximus Kong.