Když se verze Shredder a Krang z roku 1987 objeví v dimenzi želv Ninja 2012, využijí současné Bebop a Rocksteady a zjistí, že jejich plány uspějí lépe než kdykoli předtím. Mezitím, verze Ninja Turtles z roku 1987, hledá pomoc od současných Ninja Turtle, April O'Neil a Casey Jones, aby zastavily Kranga i Shreddera.