Želvy musí vyškolit své protějšky z 80. let, aby čelily větší hrozbě, než jakou kdy potkaly. April a Casey hledají pomoc od Karai a Shinigami při vystopování Bebop a Rocksteady a objevování nebezpečného schématu 80. let Shredder a Krang, který by převzal vládu 2012 a 1987 vesmíry.