Daniel Jackson zjistil adresu ztraceného města-Atlantidy. Tak začíná příběh expedice v galaxii Pegasus.

Vidíme základnu v Antarktidě a v ní velitelku Dr.Elizabeth Weirová, Dr.Rodney McKaye, Dr.Carsona Becketta a mnoho dalších vědců, kteří zkoumají antickou základnu. Carson zjistil, že někteří lidé (i on) mají specifický gen, který jim umožňuje se zvýšenou koncentrací a tréninkem ovládat antickou technologii. Gen se vyskytuje jen velmi vzácně, a proto je potřeba pomoc každého člověka s genem. Carson je ale doktor medicíny a antického křesla se bojí.

V helikoptéře letí generál Jack O´Neill s majorem Johnem Sheppardem směrem k základně. Mezitím Rodney přemluví Carsona, aby si sedl do antického křesla a soustředil se na Sluneční soustavu. Carson ale omylem aktivuje dron (ht), který míří rovnou proti helikoptéře. John manévruje, dron setřese a přistane. Dron se ale znovu objeví a míří k vrtulníku. Carson ho ale na poslední chvíli zastaví a vypne.

Helikoptéra doletí k základně a Daniel se snaží od Jacka získat povolení k misi. K vytočení osmi symbolů je ale potřeba ZPM.

O´Neill nejprve nesouhlasí, ale potom ho Weirová spolu s Danielem přesvědčí. Pokud opravdu naleznou Atlantidu, je možné, že tam bude více ZPM.

John si mezitím prohlíží základnu. Potká Becketta a ten jej seznámí s programem Stargate. John si sedne do křesla a to se okamžitě aktivuje. Carson zavolá Elizabeth a ostatní. Ti hned přijdou a zjistí že John ovládá antickou technologii přirozeně bez většího soustředění.

Elizabeth se snaží přesvědčit Jacka, aby jí dovolil připojit Shepparda k expedici. Jack dá nakonec Johnovi na výběr. Buď půjde s expedicí, nebo ho propustí.

Všichni se rozloučí a výprava se připravuje v SGC na misi. Rodney úspěšně připojí ZPM k bráně. V expedici je vojenská jednotka vedená plukovníkem Sumnerem, nejlepší světoví vědci všech oborů a také Carson Beckett, Rodney McKay, John Sheppard a samozřejmě velitelka mise Elizabeth Weirová.

Podaří se úspěšně vytvořit červí díru a podpora života je optimální. Expedice může vyrazit. Po průchodu bránou se ocitnou opravdu v Atlantidě. Atlantida je ale opuštěná a hluboko pod hladinou moře. Týmy prozkoumávají Atlantis a Carson nalezne místnost s hologramem, který popisuje historii antiků v galaxii Pegasus.

Antici přišli do Pegasu navazovat přátelské vztahy a poznávat nové světy. Ale objevil se mocný nepřítel – Wraithové. Antici podcenili Wraithy a ti díky početní převaze nakonec zničili antické základny až zbyla pouze Atlantida. Štít města uchránil Antiky před wraitskými útoky, ale situace byla bezvýchodná. Proto se Antici vrátili zpět na Zemi a Atlanis zůstala opuštěná. Jedině bránou v Atlantidě se lze dostat na Zemi.

Mezitím zjistí vědci, že Atlantis je napájená třemi ZPM. Dvě jsou zcela vybitá a třetí je na pokraji vybití. Situace je kritická, a tak Rodney zadá náhodně adresu a dva týmy vedené plk. Sumnerem se vydají hledat vhodnou základnu nebo nový zdroj energie.

Dostanou se na planetu Athos, kde potkají hrající si děti a Athiosana Hallinga, který je zavede do vesnice. Ve vesnici se Sheppard, Sumner a poručík Aiden Ford potkají s Teylou Emmagan, vůdkyní Athiosanů. John se snaží spřátelit a mezitím je objeveno zničené antické město nedaleko osady. Athiosané věří, že pokud se vrátí do města, přilákají Wraithy.

Plukovník se vydá prozkoumat město a Teyla vede Johna k jeskyním, kde se Athiosané ukrývají před wraithskýmy útoky. Sheppard najde náhrdelník, který Teyla dávno ztratila. V jeskyni jsou velké malby, které vyobrazují útoky Wraithů.

U brány je poručík Ford, který má odeslat zprávu Weirové, když se náhle brána aktivuje. Bránou proletí tři wraithské stíhačky („šipky“) a začnou útočit na vesnici. Vojáci začnou střílet na stíhačky a jednu sestřelí, ale potom je plk. Sumner spolu s několika dalšími lidmi unesen stíhačkou.

Teyla se spolu s Sheppardem vrací do vesnice, ale je také sklizena. Stíhačky proletí bránou zpět. Ford si ale zapamatuje některé symboly adresy.

Mezitím klesá na Atlantis energie a štít se hroutí. Vypadá to, že město bude muset být evakuováno…