Výprava, která se vydala hledat nový zdroj energie (ZPM), je napadena Wraithy – nepřítelem Antiků. Několik členů výpravy je uneseno. Při jejich záchraně je však wraithská královna zabita, ale ostatní Wraithové se probouzejí a začínají pustošit galaxii.
Když se náhle aktivuje brána a přichází zbytek Athiosanů spolu s Fordem a Sheppardem a zbytkem vyslaných týmů.
Štít se hroutí město začne v poslední chvíli stoupat až vypluje na hladinu. Naquadahové generátory nahradí zčásti ZPM. Evakuace není nutná.
John chce jít na záchranou misi pro plukovníka a ostatní, ale Weirová je proti. Mise je příliš nebezpečná. Rodney pošle sondu na adresu Forda, ale brána je na orbitě planety.
Plukovník je s Teylou a s ostatními ve vězení a setká se s Wraithy. Ti vezmou jednoho Athiosana i přes nabídku Teyly a plukovníka.
Rodney ukazuje Sheppardovi hangár vesmírných lodí – puddle jumperů. Beckett mezitím provádí analýzu wraithské ruky nalezené v sestřelené stíhačce. Zjistí, že Wraithové mají obrovskou schopnost regenerace a prakticky neumírají přirozenou smrtí.
John zjistí, že jumper lze zneviditelnit, tzn. mají potřebnou taktickou výhodu pro záchrannou misi. Na misi jede s Johnem také poručík Ford a bezpečnostní tým.
John si vezme z jumperu detektor života a spolu s Fordem jdou do wraithské základny. V základně umístí C4, naleznou Teylu, Hallinga a ostatní Athiosany ale plukovník Sumner byl odveden Wraithy.
Sumner je přiveden do místnosti, kde vidí mrtvolu Athiosana a potkává wraithskou královnu. Ta mu vysvětlí, že Wraithové se živí životní energií lidí. Sumner se snaží vyjednávat, ale královna se chce dozvědět, odkud je. Plukovník odporuje, ale wraithské královny mají silné telepatické schopnosti. Nakonec se začne plukovníkem krmit – vysává život.
Sheppard konečně najde plukovníka a střelí královnu i stráže. Královna svá zranění vyléčí pomocí životní síly, kterou vysává ze Sumnera, a tak je John nucen plukovníka zastřelit. Hned na to je ale zezadu omráčen Wraithem a doveden ke královně.
Objeví se ale poručík Ford, který Shepparda sledoval a zastřelí stráže. John vydá signál a jednotky u jumperu aktivují C4 a začnou střílet. Sheppard vezme wraithskou zbraň a královnu probodne. Ta v agonii řekne, že oni jsou jen ochránci Wraithů, kteří spí. A nyní, její smrtí, se Wraithové probudí.
Všichni se vrací k jumperu a Wraithové začnou útočit stíhačkami. Teyla zachrání Forda před únosem stíhačkou a John jednu stíhačku sestřelí. Nakonec všichni odletí v zamaskovaném jumperu.
Wraithské stíhačky ale čekají u brány. John Sheppard je odláká a Ford aktivuje bránu. Zničí dvě stíhačky u brány a pošlou identifikační kód. Weirová sklopí štít a jumper proletí. Hned potom štít zapne a pronásledovatelé jsou zničeni.
Všichni oslavují, ale Sheppard není šťastný z toho, že probudil Wraithy. Nakonec ho uklidní Teyla, která ho odteď považuje za svého přítele a přítele Athiosanů.
Jelikož je Sumner mrtvý, je John velící vojenský důstojník a dostane úkol sestavit si svůj tým.