Jednoho krásného rána se dr. Elizabeth Weirová probudí v psychiatrické léčebně na Zemi. Neví, jak se sem dostala a kde je zbytek jejího týmu z Atlantis. Je jí řečeno, že vše, co podle ní posledních pár let prožila, je jen výmysl její představivosti a fantazie. Atlantis nikdy neexistovala, nikdo neví nic ani o hvězdné bráně a cestování mezi planetami. Všechno je prý zapříčiněno nadměrným stresem a zhroucením Elizabeth. Je jen na ní, zda tomu uvěří nebo ne…

Weirová se probouzí v psychiatrické léčebně na Zemi a je šokována z toho, když zjistí, že celá její zkušenost s Atlantis poslední dva roky, byla jen výplod její fantazie. Její psychiatr ji informuje, že měla nehodu a její snoubenec při ní zemřel. Od té doby trpí přeludy. Je nucena se vyrovnat s novou realitou a navštíví ji i matka a generál O’Neill, který ji ubezpečuje, že nikdy neslyšel o programu hvězdné brány, natož o ztraceném městě Atlantis. Weirová má ale přesto znepokojující varování a vize jí říká, že se musí vrátit na Atlantis. Mezitím na Atlantis, která není produktem vyšinuté fantazie, drží tým hlídku u komnat Dr. Weirové, která byla ve skutečnosti nakažena nanity Niama. Dr. Beckett se nanity snaží eliminovat vstřikováním wraithských buněk, jež nanity rozdělí a jsou citlivé na EMP. Pokus je částečně úspěšný, ale nezničí všechny nanity a Weirová musí bojovat už sama. Zničením většiny nanitů utvrdí v hlavě Weirové to, že se musí vrátit na Atlantis, ale nanité se ji snaží zastavit. Sheppard riskuje infekci a pomáhá ji osobním kontaktem se vrátit zpět.