Atlantis je pod vedením Antiků. V městě se nachází i gen. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., kteří mají s Antiky vyjednávat. Jenže město je napadeno replikátory. Tým pplk. Shepparda společně s dr. Weirovou a dr. Beckettem se i přes zákaz SGC vrací jumperem pomocí mezigalaktického mostu zpět na Atlantis. McKay dostane nápad, jak replikátory v Atlantis zlikvidovat. Chce využít Niama – replikátora, který se pohybuje na oběžné dráze.

O’Neill s Woolseym se ukrývají ve městě, kde senzory nefungují. Bránou přilétá Sheppard, kontaktuje je, aby zůstali na místě, a vyhodí do vzduchu horní část hlavní řídící věže. Letí s Jumperem najít Niama, kterého nechali ve vesmírném prostoru a plánují pomocí něj vyslat program, který Replikátory zmrazí a mohou s nimi skoncovat. Když se vrací k Atlantis, jsou napadeni, poškozeni a Sheppard je nucen vzít Jumper do oceánu a dostat se do Atlantis přes podvodní hangár. Nemůžou ovšem dovnitř a Jumper nabírá vodu. Požádají o pomoc O’Neilla a tomu se to podaří. Vzápětí na to je s Woolseym zadržen Replikátory. McKay pracuje stále na Niamovi, ale zjistí, že byl O’Neill zajat. Replikátoři zjistili sondou mysli jejich plán a reaktivují Niama. Jsou nuceni ho zneškodnit a nakonec vymyslí plán, zničit C4 štítové generátory, aby pak mohl Daedalus zničit město. Rozdělí se na tři skupiny a Sheppard s Rodneym jdou do vězení za O’Neillem, kde jim vylíčí plán. Mezitím Replikátoři dokončí opravy a Beckett v ovládacím křesle se snaží sabotovat pohon. Replikátoři ovšem získali informace o jejich plánu, tým zadrží a zneškodní C4. Přilétá Daedalus a Atlantis zvedá štíty. Vtom jsou ale Replikátoři všichni najednou zničeni.