Na Atlantidě už delší dobu nefunguje hvězdná brána. McKay a Zelenka se snaží bránu opravit, jenže jsou vyrušeni – do města spadne neznámý objekt. Sheppard trénuje boj s Rononem a je zraněn, než však dojde na ošetřovnu, tržná rána se mu zacelí. Nechá se vyšetřit, ale podle dr. Kellerové je v pořádku. To se mu nezdá a když s týmem spatří Elizabeth Weirovou, zjistí, že něco není v pořádku.

Rodney se Zelenkou pracují na zprovoznění brány, protože je záhadně už více jak týden mimo provoz. Do města ale narazí nějaká sonda. McKay to prošetřuje a myslí si, že je našli Replikátoři, ale nemůže to nijak potvrdit, protože sonda se sama zničí. Později se dostane do potyčky Ronon s Johnem a když jde John si to na ošetřovnu zašít, je najednou všechno v pořádku. Má podezření jestli se nenakazil nanity. Jeho zdravotní stav je ale v pořádku a začne se cítit podivně, jako Ronon a Rodney. Není tedy něco v pořádku a později objeví Ronon s Rodneym tajnou místnost, ve které je Weirová a Teyla se Sheppardem na ošetřovně, že jsou Replikátoři. Jsou uvězněni a uvědomují si, že jsou jen replikátorské kopie týmu. Dovídají se pravou povahu věznitelů, že Weirová je provděpodobně mrtvá a oni jsou frakce, která Replikátorům utekla, protože se chtějí povznést. Teď je ovšem našli a zaútočili na město. Kopie města je zničena, ale jim se podaří uniknout Jumperem a od kopie Kellerové dostanou sledovací zařízení lodí třídy Aurora. Nakonec kontaktují Atlantis, a když přijdou na planetu, spojí své síly proti Replikátorům. Ti je ovšem napadnou a kopie týmu se obětují, aby skutečný tým mohl uniknout. Na Atlantis jsou zděšeni, když zapojí sledovací zařízení a poznají, kolik mají lodí.