Týden po bitvě s replikátory zachytí dálkové senzory Atlantis signál z opuštěné wraithské mateřské lodi. McKay si myslí, že se jedná o loď wraithského „přítele“. Tým tedy letí jumperem na loď. Loď je skutečně opuštěná, ale je poškozená, a tak se Rodney dává hned do práce. John, ač ke své nelibosti, na loď přiletí i s Teylou, která s lodí může létat. V záznamech lodi je však zmínka o nějakém tajném projektu, který pomohl Wraithům vyhrát válku s Antiky.

Toddovi se podařilo ukořistit na Asuras těsně před tím, než byla zničena, 3 ZPM, jež jsou důležité v jeho plánech. O týden později zjišťují na Atlantis, že je teď mnoho Wraithů na lidi a rozdělují se do frakcí. Začala občanská válka. Zároveň jsou upozorněni vysíláním starého známého Todda, ale neví přesně, co chce. Nakonec se tam o den později vydají to prošetřit a najdou úl opuštěný. 30% lodi je vážně poškozeno, ale je teď jejich. Rodney se náhodou dotkne některých ovládacích prvků a zjistí souřadnice tajné Wraithské základny. Teyla se nakonec přidává k týmu a pilotuje mateřskou loď k tajné základně Wraithů. Teyla zůstává na palubě a zbytek týmu jde prozkoumat základnu. Najdou tam spoustu bojovníků, kteří se tam rodí pomocí královny a také klonovací zařízení. Chtějí zařízení zničit, ale hlídá ho další úl. Narazí na Todda a ten jim sdělí, že bylo použito také před 10 000 lety za války s Antiky a kradli jim ZPM, aby mohli zařízení napájet. Teď ho chtěl využít k zničení ostatních Wraithů, ale byl zrazen. Jsou ovšem zajati, jen Toddovi se podaří uniknout na loď týmu. Teyle se podaří ovládnout mysl Královny a tým tak unikne, ale musí Královnu zabít, protože ta začne zabíjet přes spojení Teylino dítě. Jsou napadeni druhou lodí a nemají šanci, tak Teyla nasměruje před únikem hvězdnou bránou mateřskou loď na základnu.