Otec Calluma a dávný asasín, který si uvědomuje, co je to střežit velké tajemství. Pro asasínské Přesvědčení je schopný obětovat to nejbližší, co má. Dlouhá léta žije jako slepec ve společnosti Abstergo Industries, kde ho využívají templáři k napojování na zařízení Animus.
Joseph Lynch je manželem Mary Lynch a otcem Calluma Lynche. Joseph a Mary jsou členové nového asasínského bratrstva v současnosti. Když templáři v čele s Alanem Rikkinem vystopují rodinu Lynchových, Joseph se úchýlí k zoufalému činu. Zabije svou manželku Mary, protože ví, že je přímou potomkyní Aguilara de Nerhy, asasína z dob španělské inkvizice, který ukryl před templáři Kousek ráje.
Callum následně nachází svou matku zavražděnou svým otcem. Joseph nechává Calluma utéci a sděluje mu, ať žije ve stínech. Joseph je posléze chycen Abstergem, kteří ho napojí do zařízení Animus, aby zjistili podrobnosti o jeho asasínském předkovi. Každý, kdo se ale dobrovolně nepoddá Animusu, oslepne. Joseph tak žije další léta jako slepec v templářské společnosti.
Tam ho v roce 2016 nachází jeho syn Callum. Ten má možnost zabít svého otce a pomstít smrt své matky, ale nakonec to neudělá. Joseph mu vysvětluje, že kdysi mohl zabít i malého Calluma, aby nenadešel den jako dnešek, kdy Callum pomáhá Abstergu. Při hromadném útěku vězňů ze společnosti se pokusí utéci i Joseph, ale je zabit jedním členem ochranky.
Nevím co k němu říct. Byl fajn, ale zabili ho moc brzo :/
Mohl být fajn mentorem, škoda že odpadl tak rychle.
Souhlasím, měl dostat více prostoru.
Byl fajn, ale zasloužil si o malinko větší prostor :-)