I když je Lincoln volný, objevují se nové problémy. Michael je zavřen za vraždu Billa Kima do panamského vězení Sona.
Kellerman zachrání Sáru u soudu a Sára je sproštěna všech obvinění. Díky Kellermanovu svědectví je také Lincoln Burrows volný. Sára s Brucem Bennettem poslouchají Michaelovo vzkaz o útěku do Panamy. Sára se za Michaelem ihned vydává, zatímco Kellerman je zatčený.
Michael přistupuje na Alexovo nabídku a domlouvá si s ním schůzku. Také si obstará u drogového krále velké množství drog. Poté se vydává za Mahonem a Lincolnem. Tady se dozvídáme, že Alex chce na Michaela a Lincolna hodit vraždu a poté se vrátit ke své rodině – k Pam.
Paul Kellerman je zatčený za nápomoc vytváření falešných informací a také za několikanásobné vraždy. Ihned je převážen do vězení, sám ale tuší, že ho Společnost zlikviduje sama. Dodávka s Paulem zastaví v tunelu a Kellermana jeden muž ze Společnosti chladnokrevně zabije.
Brad Bellick čeká na policejní stanici. Brzo za ním přichází policie a odvážejí ho do Panamského vězení za vraždu prostitutky. Sucre se mezitím probouzí v nemocnici a na ambasádě si zjišťuje, kde je Bellick. Nachází ho právě, když je převážen do věznice. Jeho jediná stopa po Maricruz mizí.
T-Bag je zatčený policií a odvezen na stanici. Tady za ním přichází muž ze Společnosti. Nyní se dozvídáme, že Bagwella Společnost chytla už v Mexiku. Chtěla ale po něm, aby jim Bagwell chytil Scofielda. Což se nepodařilo. T-Bag tak zůstává na stanici a brzo bude převezen do vězení.
Za Alexem, Michaelem a Lincolnem přichází Bill Kim. Dojde k přestřelce a Michael s Lincolnem mizí i s penězi. Mahone utíká na Michaelovo lodi, ale daleko nedopluje. Chytá ho pobřežní stráž, která u něj nachází velké množství drog. Mahone je ihned převezen do Panamského vězení.
Michael a Lincoln si opatřují novou loď, kde na ně čeká Sára. Oznamuje jim, že Lincoln je volný. Brzo ale na scénu dorazí Kim, který potřebuje k něčemu Michaela. Sára zakročí a Kima zabije. Při akci je také 5 milionů v batohu svrženo do řeky. Michael, Lincoln a Sára znovu utíkají.
Na místo doráží Panamská policie, kterou zavolal Kim. Michael nyní ví, že ho Společnost k něčemu potřebuje. Sám ale neví k čemu. Lincoln dokáže policii utéct, ale Michael se Sárou ne. Michael se obětuje za Sáru a přiznává se k vraždě Kima. Ihned je převezen do Panamského vězení SONA…
Naprosto super, skvělý finále 2. řady.